Ikertzaileek errendimendu handiko isotopo egonkorreko zundaketa (HT-SIP) kanalizazio berria eta metagenomika erabili zituzten landare sinbionte onuragarri baten inguruko mikrobioma aktiboari lehen begirada emateko, onddo mikorrizial arbuskularrak (AMF). Kreditua: Lawrence Livermore National Laboratory
Mikrobio basatien identitatea beren ezaugarri fisiologikoekin eta ingurumen-funtzioekin lotzea funtsezko helburu bat da ingurumen-mikrobiologoentzat. Helburu hori lortzeko ahalegintzen diren tekniken artean, Stable Isotope Probing —SIP— ingurune naturaleko mikroorganismo aktiboak aztertzeko eraginkorrena da.
Lawrence Livermore National Laboratory (LLNL) zientzialariek teknika berri bat garatu dute —erdibide handiko SIP—, isotopo egonkorreko zundaketa prozesuan hainbat urrats automatizatzen dituena, mikroorganismoen mikroorganismoen jarduera baldintza errealetan ikertzea ahalbidetzen duena, laborategiko hazkuntzaren beharrik gabe.
SIPan, mikrobio aktiboak identifikatzen dira isotopo egonkorrak beren biomasan sartuta. Mikrobioen ekologian metodorik indartsuenetakoa da, mikrobio aktiboak eta haien ezaugarri fisiologikoak (substratuaren erabilera, biokimika zelularra, metabolismoa, hazkuntza, hilkortasuna) identifika ditzakeelako bertako baldintzapeko komunitate konplexuetan.
Normalean, SIP metodoak eskulan handia behar du eta lagin kopuru txiki bat baino ez du onartzen. Baina LLNL teknika berriak eskuzko lanaren seiren bat behar du eskuzko SIParekin alderatuta eta 16 lagin aldi berean prozesatzeko aukera ematen du.
"Gure hurbilketa erdi-automatizatuak operadorearen denbora murrizten du eta erreproduzigarritasuna hobetzen du SIParen lan-eskaintza handieneko urratsak bideratuz", esan du Erin Nuccio LLNL zientzialariak eta Microbiome aldizkarian agertutako artikulu baten egile nagusiak. "Orain, hurbilketa hau erabili dugu mila lagin baino gehiago prozesatzeko, lurzoruko mikrohabitatetako batzuk barne".
Horrelako mikrohabitat bat mikorrizen ehunak berehala inguratzen dituen lurra da, lurreko landare guztien % 72rekin harreman sinbiotikoak sortzen dituen onddo mota bat. Landare-karbonoaren truke, onddoak (onddo mikorriziko arbuskularrak) funtsezko baliabideez hornitzen ditu bere ostalariak, hala nola nitrogenoa, fosforoa eta ura.
Kontzeptu froga-azterketa honetan, egileek lurzoruan onddo mikorrizikoek estimulatutako elkarrekintzen "elikagai-sarea" erakutsi zuten.
"Uste dugu landareen karbonoa lurzoruan modu zabalean banatzen den bide garrantzitsu bat dela. Lurzoruak planetako karbono organiko aktiboki zirkulatzen duen multzorik handiena dauka ", esan zuen Jennifer Pett-Ridge egile kolaboratzaileak, LLNL proiektuaren burua eta Energia Saileko "Microbes Persist" Zientzia Bulegoko buru den Soil Mikrobiome Scientific Focus Area. . "DNA kopuru txiki bat sekuentziatu dugu, organismo aktiboak zehaztu eta gero haien genomak eta elkarreragin potentzialak berreraiki ditugu".
LLNLren beste egile batzuk Steven Blazewicz, Marissa Lafler, Ashley Campbell, Jeffrey Kimbrel, Jessica Wollard, Rachel Hestrin eta Lawrence Berkeley National Laboratory, DOE Joint Genome Institute eta Kaliforniako Berkeley Unibertsitateko ikertzaileak dira.