Luigi Ricciardi 1 , Rosa Mazzeo 2,*©, Angelo Raffaele Marcotrigiano 1 , Guglielmo Rainaldi 3 , Paolo Iovieno 4 , Vito Zonno 1 , Stefano Pavan 1© eta Concetta Lotti 2,*
- 1 Lurzoruaren, Landareen eta Elikagaien Zientzien Saila, Landareen Genetika eta Ugalketa Unitatea Bariko Unibertsitatea, Via Amendola 165/A, 70125 Bari, Italia; luigi.ricciardi@uniba.it (LR);angelo.marcotrigiano@uniba.it (BESOA); vito.zonno@uniba.it (VZ); stefano.pavan@uniba.it (SP)
- 2 Nekazaritza, Elikadura eta Ingurumen Zientzien Saila, Foggiako Unibertsitatea, Via Napoli 25, 71122 Foggia, Italia
- 3 Biozientzien, Bioteknologien eta Biofarmazia Saila, Bariko Unibertsitatea, Via Orabona 4, 70125 Bari, Italia; guglielmo.rainaldi@uniba.it
- 4 Energia Teknologien Saila, Bioenergia, Biofindegia eta Kimika Berdea Dibisioa, ENEA Trisaia Ikerketa Zentroa, SS 106 Ionica, km 419+500, 75026 Rotondella (MT), Italia; paolo.iovieno@enea.it
* korrespondentzia: rosa.mazzeo@unifg.it (RM); concetta.lotti@unifg.it (CL)
Laburpena:
Tipula (Allium cepa L.) mundu mailan bigarren landare-laborerik garrantzitsuena da eta oso estimatua da osasunerako dituen onurengatik. Garrantzi ekonomiko handia duen eta elikagai funtzional gisa duen balioa izan arren, tipula gaizki ikertu da bere aniztasun genetikoari dagokionez. Hemen, "Acquaviva tipula gorria" (ARO) aldaera genetikoa aztertu dugu, Bari probintziako herri txiki batean (Apulia, Italiako hegoaldea) mendeko historia duen landaredia. 11 mikrosatelite markatzaile multzo bat erabili zen 13 ARO populazioz eta hiru merkataritza mota arruntez osatutako germoplasma bilduma batean aldakuntza genetikoa aztertzeko. Metodo parametriko eta ez-parametrikoen egitura genetikoaren analisiek nabarmendu zuten AROk ondo definitutako gene-biltegia adierazten duela, Tropea eta Montoro lurreko arrazetatik argi eta garbi oker egiten den. Kontsumo freskorako erabili ohi diren bonbilen deskribapena egiteko, solido disolbagarrien edukia eta garratza ebaluatu ziren, AROan gozotasun handiagoa erakutsiz goian aipatutako bi landareekin alderatuta. Orokorrean, azterketa hau baliagarria da AROaren etorkizuneko balorizaziorako, zeina kalitate labelen bidez sustatu liteke, merkataritza iruzurrak mugatzen eta baserritar txikien diru-sarrerak hobetzen lagun dezaketenak.
Sarrera
Allium generoak 750 espezie inguru biltzen ditu [1], horien artean tipula (Allium cepa L., 2n = 2x =16) hedatuenetakoa da. A. cepa-k bi urteko zikloa du eta ugalketa-jokaera gainditzen du. Gaur egun, tipula mundu mailako ekoizpenak (97.9 Mt) bigarren landare-labore garrantzitsuena da tomatearen ondoren [2]. Antzinatik, tipula erraboilak elikagai gisa eta folk sendagaietan erabiltzen dira. Izan ere, antzinako egiptoarrek jadanik baratxuri eta tipulen erabileran oinarritutako hainbat formula terapeutiko jakinarazi zituzten K.a. 1550eko medikuntzako papiro batean, Codex Ebers [3].
Barazki polifazetiko eta osasuntsu hau gordin, fresko edo produktu prozesatu gisa kontsumitzen da, eta plater askoren zaporea hobetzeko erabiltzen da. Duela gutxi egindako hainbat ikerketek diote tipula kontsumitzeak gaixotasun kardiobaskularrak [4,5], obesitatea [6], diabetesa [7] eta hainbat minbizi mota izateko arriskua murriztu dezakeela [8-10]. Tipula osasunaren propietateak bi konposatu nutraceutikoen maila altuei egozten zaizkie sarritan: flavonoideei eta alk(en)il cisteina sulfoxidoei (ACSO). Lehenengo klasean flavonolak eta antozianinak daude. Quercetina detekta daitekeen flavonol nagusia da, erradikal askeen kentzean eta trantsizio metaliko ioietan lotzen dituen propietate antioxidatzaile eta antiinflamatorio sendoengatik ezaguna. [11]; antozianoek, berriz, kolore gorria/morea ematen diete tipula barietate batzuei. ACSOei dagokienez, ugariena isoaliina da [(+)-trans-S-1-propenil-L-zisteina sulfoxidoa] [12], zeluletan gordetzen den sufre aminoazido ez-hegazkorra eta ez-proteinogenoa, tipulen usain eta zaporea zeharka erantzule duena. [13]. Ehunak hausten direnean, isoalliina aliinasa entzimak zatitzen du konposatu lurrunkorren sorta bat ekoizteko (piruvatoa, amoniakoa, tiosulfonatoak eta S-oxido propanetiala) eta horrek urratzea eragiten du eta usain desatsegina eragiten du. [14]. Tipula pirutasuna hidrolisiaren ondorioz sortutako azido pirubikoaren pisu fresko gramo bakoitzeko neurtzen da askotan. [15,16].
Mediterraneoko arroko herrialdeetan, bigarren mailako aniztasun zentroetako bat bezala proposatua A. cepa [17,18], tipula erraboilek forma, tamaina, kolore, materia lehorra eta garratza aldakortasun handia erakusten dute [19-bat]. Gainera, sufre bidezko ongarritzeak, praktika agronomikoak, lurzoru motak, klima-baldintzak eta kultiboen edo lur-arrazen genotipoak erraboilaren kalitatean eragin dezakete, balio organoleptiko eta nutritibo bereziak emanez. [23-bat]. Italian, tipula germoplasma eskuragarri dagoen arren, tipula barietate gutxi batzuk baino ez dira sarritan azterketa zientifikoak jasaten eta behar bezala karakterizatzen direnak. [28,29].
Nekazaritza-biodibertsitatearen karakterizazio genetikoa eta fenotipikoa oso garrantzitsua da landare-baliabide genetikoen kontserbazio egokia bermatzeko eta balio-katean genotipo espezifikoen erabilera sustatzeko. [30-bat]. Sekuentzia errepikapen sinplea (SSR) markatzaileak sarritan aukeratu dira mapak egiteko [33-bat], DNA hatz-markak eta kultiboen diskriminazioa [36-bat], eta aldakortasun genetikoaren estimazio fidagarria lurreko arraza barruan eta artean [39-bat], locus espezifikoak, multialelikoak, kodominanteki heredatuak, oso erreproduzigarriak eta genotipaketa automatizaturako egokiak direnez.
Azterlan honetan, gure arreta Apuliar tradiziozko arraza batean zentratu dugu, "Acquaviva tipula gorria" (ARO), nekazaritza ekologikoko metodoen arabera lantzen dena Acquaviva delle Fonti herriko eremu txiki batean, Bari probintzian. (Apulia, Italiako hegoaldea). Landrace honen bonbillak handiak eta lautuak eta kolore gorrikoak dira eta tokiko errezetetan erabiltzen dira gehienbat. AROk "Slow Food Presidium" kalitate-marka lortu bazuen ere, bere ekoizpena Europar Batasuneko kalitate-marken bidez, hala nola, Adierazpen Geografiko Babestua (IGP) eta jatorri-deitura babestua (POD) bezalako marken bidez sustatu eta babestu zitekeen, hauek muga murrizten lagun dezaketelako. merkataritza iruzurrak eta baserritar txikien diru-sarrerak hobetzea. Hemen, SSR markatzaile molekularrak tresna indartsu gisa erabili ziren ARO populazioen arteko aldakuntza genetikoa ebaluatzeko eta hegoaldeko Italiako beste bi tipula gorrietatik bereizteko. Gainera, zorroztasuna eta solido disolbagarrien edukia estimatu dugu, ARO zaporea merkatuaren eskariarekin lotuta ebaluatzeko.
Emaitzak
Acquaviva Tipula Gorri Germoplasma Bilduma eta Karakterizazio Morfologikoa ezartzea
BiodiverSO Apulia Eskualdeko proiektuaren esparruan nekazariek dohaintzan emandako ARO lurreko 13 populazioren haziak erabili ziren ARO germoplasma bilduma bat ezartzeko.
Deskribatzaile morfologikoak, erraboilarekin, azalarekin eta haragiarekin erlazionatuta, ARO germoplasman eta hiru tipula lur-arrazatan bildu ziren, bi "Tropea red onion" (TRO) arrazakoak eta bat "Montoro kobrezko tipula" (MCO) arrazakoa (Irudia). 1). ARO bonbilla guztiak lauak ziren eta kanpoko azal gorria eta haragia gorri kolore ezberdinekin bereizten ziren. Aitzitik, TRO erraboilen haragia guztiz gorria zen, MCO bonbilen haragia, berriz, gaizki pigmentatua zegoen (S1 taula). Analisi biokimikoak solido disolbagarrien edukia eta pikartasuna ebaluatu ahal izan zituen. Taulan jakinarazi bezala 1, ARO populazioetan erraboilen eduki solido disolbagarrien batez besteko balioak 7.60 ziren, eta 6.00 (ARO12) eta 9.50° Brix (ARO11 eta ARO13) bitartekoak ziren. Balio hori TRO eta MCO lurreko arrazetarako estimatutakoa baino handiagoa izan zen (4.25 eta 6.00° Brix, hurrenez hurren).
Table 1. "Acquaviva Red Onion" (ARO), "Tropea Red Onion" (TRO) eta "Montoro Copper Onion" (MCO) Populazioetan ebaluatutako eduki disolbagarri solidoen eta puntu-balioak *.
CODE | Eduki solido disolbagarria (Brix) | garratza (pmolg-1 FW) | ||
Esan nahi | CV y (%) | Esan nahi | CV y (%) | |
ARO1 | 6.25 D * | 5.65 | 5.84 ab * | 23.78 |
ARO2 | 7.25 DC | 4.87 | 6.51 a | 22.98 |
ARO3 | 7.50 K.a | 9.42 | 5.28 ab | 22.88 |
ARO4 | 7.50 K.a | 0.00 | 6.97 a | 3.74 |
HOOP 5 | 7.50 K.a | 0.00 | 6.80 a | 9.68 |
ARO6 | 6.25 D | 5.65 | 4.51 ab | 39.18 |
ARO7 | 7.25 DC | 4.87 | 5.25 ab | 15.44 |
ARO8 | 9.00 AB | 0.00 | 7.04 a | 3.49 |
ARO9 | 8.25 ABC | 4.28 | 6.84 a | 0.15 |
ARO10 | 7.00 DC | 0.00 | 5.94 ab | 6.57 |
ARO11 | 9.50 A | 7.44 | 5.54 ab | 16.43 |
ARO12 | 6.00 D | 0.00 | 4.91 ab | 9.70 |
ARO13 | 9.50 A | 7.44 | 6.63 a | 24.93 |
MCO | 6.00 D | 0.00 | 4.18 ab | 2.66 |
TRO1 | 4.25 E | 8.31 | 2.80 b | 2.10 |
TRO2 | 4.25 E | 8.31 | 4.28 ab | 4.79 |
* Maiuskulaz edo minuskulaz letra berdinak dituzten esanahiak ez dira estatistikoki desberdinak 0.01P edo 0.05P-n, hurrenez hurren (SNKren proba). y Aldakuntza-koefizientea.
ARO pirutasunaren batez besteko balioa, azido pirubikoaren edukiaren bidez ebaluatua, 6.00 izan zen, 4.51 pmol g-tik bitartekoa.-1 FW (ARO6) 7.04tik (ARO8). Balio hori TRO eta MCO lurreko arrazetan estimatutakoa baino handiagoa izan zen (3.54 pmol g-1 FW eta 4.18 pmol g-1 FW, hurrenez hurren).
SSR Polimorfismoa eta Atxikimenduen arteko erlazio genetikoak
Ikerketa honetan, probatutako 11 SSR lehen konbinazioetatik 37k locus bakarreko polimorfismoak eman zituzten, hau da, banako bakarrean gehienez bi anplifikazio produktu emanez. Oro har, 55 alelo detektatu ziren 320 indibiduotan 2 (ACM147 eta ACM 504) eta 11 (ACM132) bitarteko alelo kopuru batekin eta 5 aleloko batez besteko balioarekin (Taula). 2). Populazio indibidualetan, alelo kopurua (Na) 1.94 (ACM147 eta ACM504) 5.38 (ACM132) bitartekoa izan da, eta alelo kopuru eraginkorra (Ne) 1.41 (ACM152) 2.82 (ACM449) bitartekoa zen. Desadostasunak Na eta Ne balioen artean populazioetan maiztasun txikiko aleloen presentziagatik eta alelo gutxi batzuen nagusitasunagatik izan ziren. Behatutako heterozigositate-baliorik handiena (Ho) ACM138 eta ACM449-n nabarmendu zen (0.62), eta baxuena ACM152-rekin lotu zen (0.25). Esperotako heterozigositatea (He), populazio panmiktiko batean itxaropen teorikoari dagokiona, 0.37 (ACM504) eta 0.61 (ACM132, ACM138 eta ACM449) bitartekoa zen. Wright-en finkapen-indizeak (Fis), zerotik hurbil dauden balioak (0.05 batez beste) bistaratzen zituen markatzaile guztientzat, behatutako eta esperotako heterozigositate-mailen arteko antzeko balioak adieraziz, gurutzatzen ari den espezie baterako espero den bezala. SSR markatzaile indibidualaren eraginkortasuna hatz-marka genetikoan informazio polimorfikoaren edukiaren (PIC) indizearen arabera kalkulatu zen, 0.48ko batez besteko balioarekin eta 0.33 (ACM504) eta 0.67 (ACM132) bitartekoa izan da. Beste eraginkortasun-indize batek, Shannon-en Informazio Indizeak (I) 0.84ko batez besteko balioa bistaratu zuen, eta balioak 0.45 (ACM152) eta 1.20 (ACM132) bitartekoak izan dira.
Table 2. ARO, TRO eta MCO populazioetan aniztasun genetikoa kalkulatzeko erabiltzen diren 11 SSR markatzaileen polimorfismoaren ezaugarriak. Aleloen guztizko kopurua (Na), Banden Tamainen Tartea eta Informazio Polimorfikoaren Edukiaren (PIC) Indizea Ikusi Azterketa honetan genotipatutako 320 gizabanakoen multzoa. Alelo kopurua (Na), alelo eraginkorren kopurua (Ne), Behatutako heterozigositatea (Ho), Espero den heterozigositatea (He), finkatze indizea (F)is), eta Shannon-en Informazio Indizeak (I) 16 populaziotik kalkulatutako batez besteko balioei dagokie, bakoitza 20 indibiduoz osatuta.
Lokua. | Na guztira | Tamaina-tartea (bp) | ACETT | Esan nahi | |||||
Na | Ne | Ho | He | I | Fis | ||||
ACM91 | 4 | 189-205 | 0.40 | 2.63 | 1.72 | 0.38 | 0.39 | 0.66 | 0.04 |
ACM101 | 4 | 229-241 | 0.52 | 2.94 | 2.37 | 0.53 | 0.56 | 0.92 | 0.06 |
ACM132 | 11 | 186-248 | 0.67 | 5.38 | 2.78 | 0.55 | 0.61 | 1.20 | 0.09 |
ACM138 | 5 | 242-272 | 0.66 | 3.69 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.09 | -0.02 |
ACM147 | 2 | 264-266 | 0.37 | 1.94 | 1.83 | 0.44 | 0.44 | 0.62 | -0.01 |
ACM152 | 4 | 228-244 | 0.25 | 2.38 | 1.41 | 0.25 | 0.27 | 0.45 | 0.07 |
ACM235 | 4 | 286-298 | 0.41 | 2.81 | 1.77 | 0.44 | 0.41 | 0.72 | -0.06 |
ACM446 | 6 | 108-120 | 0.56 | 3.50 | 2.48 | 0.49 | 0.58 | 1.01 | 0.16 |
ACM449 | 8 | 120-140 | 0.66 | 4.88 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.18 | -0.03 |
ACM463 | 5 | 202-210 | 0.47 | 3.38 | 1.95 | 0.46 | 0.48 | 0.83 | 0.05 |
ACM504 | 2 | 188-192 | 0.33 | 1.94 | 1.64 | 0.30 | 0.37 | 0.54 | 0.20 |
Esan nahi | 5 | 0.48 | 3.22 | 2.15 | 0.46 | 0.48 | 0.84 | 0.05 |
Populazioen artean, ARO3, ARO6, ARO8, ARO10, TRO1 eta MCOk aldakuntza genetiko-maila handia erakutsi zuten (Ho > 0.5), eta aniztasun txikiena ARO7 (Ho = 0.27) populazioan ikusi zen (S2 Taula Osagarria). Oro har, atxikimendu guztiek F erakutsi zutenis zerotik hurbil dauden balioak (Fis batez besteko balioa = 0.054), ausazko estaltze-baldintzetan espero den bezala.
Bariantza Molekularraren eta Egitura Genetikoaren analisia
Populazioen arteko eta populazioen barneko aldakuntza genetikoaren zatiketa hierarkikoa kalkulatu zuen AMOVAk. Emaitzek populazioen barneko aldakuntza genetikoaren zati handi bat nabarmendu zuten (%87). Populazioen arteko aldakuntza, %13, oso esanguratsua izan zen (P < 0.001) (Taula 3). Fpt parametroaren pareko balioak, Wright-en Fst finkapen indizearen antzekoak, 0.002 (ARO2/ARO10) eta 0.468 (ARO7/TRO2) bitartekoak izan ziren (P < 0.05), bikoteka bederatzi konparazio izan ezik (S3 Taula Osagarria).
Table 3. 320 populaziotako 16 genotiporen bariantza molekularraren analisia allium cepa L.
Iturria | df | Karratuen batura | Bariantza-kalkulua | Bariantza (%) | Fpt | P |
Populazioen artean | 15 | 458.63 | 1.16 | 13% | ||
Populazioen barruan | 304 | 2272.99 | 7.50 | 87% | 0.134 | 0.001 |
Guztira | 319 | 2731.62 | 8.66 |
Egitura genetikoaren ikerketa A. cepa Ikerketa honetan genotipatutako bilketa software STRUCTUREn inplementatutako nahaste-ereduetan oinarritutako clustering-analisiaren bidez egin da. Evano AK metodoak bi multzotan (K = 2) zatitzea proposatu zuen gure informazio gehien multzoaren,threkine hurrengo pe altuenaak K = 5 (Erregulazio osagarria S1). A Krentzat = 2, ahpopulazioak were ipurdiaigned o tonetaf bi multzoak batera a rnernbertoip koefizientea (q) > 0.7. shosartu Irudikatu 2a, lehen multzoak (S1 izenekoak) MCO eta ARO populazio guztiak biltzen zituen, S2 multzoak, berriz, bi TRO populazioak multzokatu zituen. K = 5ean, datu-multzoaren deskribapen sakonagoa emanez (Irudia 2b), atxikipenen % 75 bost klusterretako bati esleitu zitzaion. ARO (S1) eta TRO (S2) arteko bereizketa baieztatu zen, nahiz eta ARO populazio batzuk nahastu (q < 0.7) edo bereizita bildu S3 eta S4 bi multzo berrietan (ARO7 eta ARO12, hurrenez hurren). Interesgarria da MCO mota komertzialak Apuliar tipula gorritik bereizitako kluster bereizi bat (S5) osatu zuen.
Populazioen arteko harreman genetikoak
SSR polimorfismoak aniztasun genetikoaren dendrograma marraztu ahal izan zuen eta analisi filogenetikoaren emaitzak irudian erakusten dira. 3a. Hemen, germoplasma-bilduma bost taldetan banatu zen bootstrap balioek oso babestuta. ARO7 eta ARO12 populazioak berehala bereizi ziren gainerako populazioetatik eta bi multzo ezberdin osatu zituzten. Hirugarren klusterrak TRO-ko bi populazio komertzialak biltzen zituen, laugarren nodoak MCO hamaika ARO populaziotik banatu zuen. Populazioen artean gertatzen den erlazio genetikoa gehiago ikertu zen koordenatu nagusien analisiaren bidez (PCoA) (Irudia 3b). Aurrez nabarmendu bezala, ARO populazioak ondo multzokatu ziren, ARO12 eta ARO7 izan ezik, PCoA lursailean posizio isolatuetan agertzen zirenak. Bi TROak eta MCO populazioak lursailaren beheko eskuineko panelean sakabanatuta zeuden.
Kopuru 3. Aniztasun genetikoa 16ren artean A. cepa ikerketa honetan ezaugarritutako populazioak, beren SSR profilaren arabera. (a) Distantzia genetikoaren UPGMA dendrograma. Bootstrap laguntza-balioak > 50 dagozkien nodoen gainean adierazten dira; (b) osagai nagusien analisia (PCoA). Gorriz inguratutako multzoa analisi filogenetikoek sortutako taldearekin guztiz bat dator eta 11 ARO atxikipenek osatzen dute.
Eztabaida
Hego Italian tradizionalki lantzen den nekazaritza-biodibertsitate kopuru handiaren barruan, tipula-landareek higadura genetikoaren arriskutik eta kultiba modernoekin ordezkatzeko mehatxutik babestu beharreko produktu nitxoak dira. BiodiverSO eskualdeko proiektuaren esparruan, tokiko ondareari oso lotuta dagoen Apulia eskualdeko baliabide genetikoak biltzea, karakterizatzea, sustatu eta zaintzea helburu duena, ARO lurreko 13 populazioko hazi bilduma bat ezarri genuen. ARO aldakuntzaren lehen ebaluazioaren berri eman genuen DNA polimorfismoei eta bi parametro biokimikoei dagokienez, solido disolbagarrien eta azido pirubikoaren edukiari dagokionez, zapore-ezaugarriekin erlazionatuta eta egosi gabeko produktu freskoen onarpenerako garrantzia dutenak. Horrez gain, ARO landraceari buruzko datuak sarritan nahastu ohi diren beste bi tipula pigmentatuaren landrazteetan bildutakoekin alderatu ziren.
Analisi biokimikoek 13 ARO populazioen gozotasuna nabarmendu zuten, solido disolbagarri handiko edukiarekin eta pikortasun ertainekoarekin lotuta, tipula gozoaren industriaren jarraibideen arabera. [31]. ARO bonbillak TRO eta MCO herrialdeetakoak baino gozoagoak ziren, eta apur bat handiagoa erakusten zuten. Dena den, tipulen gozotasuna azukre-edukiaren eta garratzaren arteko orekari zor zaio, beraz, karakterizazio hori baliagarria izan liteke baliozko genotipoen hautapenari laguntzeko, normalean nekazariek morfologian soilik egiten dutena.
SSR markatzaileak genotipoak bereizteko tresna erabilgarria zirela baieztatu zen, nahiz eta hazten ari den eremu estu batean bilduak, hala nola Acquaviva delle Fonti herrian. Hautatutako markatzaileek lehen jakinarazitako markatzaileek baino alelo kopuru handiagoa erakusten dute [43] [44], baina adierazitako markatzaileak baino baxuagoak [45]. Gainera, gure markatzaileen % 50ek PIC indizearen balioak 0.5 baino handiagoak erakusten zituzten, bildumako populazioak bereizteko egokiak direla frogatuz, esan bezala. [46]. Populazioen barruko aniztasunaren ebaluazioak Ho eta He-ren arteko antzeko balioak agerian utzi zituen, Fi baxua lortuzs balioak. Hori bat dator gurutzatzearen izaerarekin A. cepa, endogamiaren depresioa larriki jasaten duena [47]. Orokorrean Fis Ikerketa honetan kontuan hartutako tipula populazioetan kalkulatutako balioa (0.054) aurretik jakinarazitakoa baino txikiagoa izan da. [45] (0.22) eta aurkitutakoaren ia berdina [31] (0.08) eta [48] (0.00) Espainia ipar-mendebaldeko eta Nigerreko tipula-herritarren aniztasun genetikoa ebaluatu zuen, hurrenez hurren. ARO populazioetan heterozigositate maila nabarmenek Apuliak baratze-espezie askoren aniztasun zentro bat ordezkatzen duen ideia indartzen du. [32, 42, 49-bat].
AMOVAk nabarmendu du ikerketa honetan genotipatutako bildumako aldaera molekular gehien populazioetan dagoela. Hala ere, populazioen arteko bereizketa genetiko nabarmena (FPT balioak) estratifikazio genetikoaren agerraldia agerian utzi zuen. Izan ere, gure emaitzek ARO populazio gehienetan uniformetasun genetikoa zegoela adierazi zuten arren, ondo definitutako kluster bat osatuz, ARO7 eta ARO12 populazioek profil genetiko argi eta garbia erakusten zuten. Emaitza hau populazioak bildu ziren bi nekazariek erabilitako hazien jatorri ezberdinaren ondorio izan liteke. Gainera, lortutako emaitzetatik abiatuta, ARO herri-arraza maila genetikoan argi bereizten da TRO eta MCO-en aldean. Azken azterketa batean, [29] Italiako hainbat tipula espezieren aniztasun genetikoa ebaluatu zuen, besteak beste, "Acquaviva", "Tropea" eta "Montoro". Egileek SNP markatzaileak erabili zituzten tipula-bilduma zabalago baten aniztasun genetikoa ebaluatzeko, genotipatzea ez zen gai izan "Acquaviva" eta "Tropea" eta "Montoro" tipula bereizteko. Seguruenik, desadostasun hori aurkitutako PIC balio baxuari zor zaio (0.292), aztergai dauden lokuen informazio orokor apala iradokitzen duena. [29]. Gainera, bere kluster italiarrean azpiegituren presentzia ikertzeko, hobe litzateke italiar genotipoak bildumako gainerakoetatik bereizita aztertzea. Seguruenik, estratifikazio geografikoari lotutako aniztasun genetikoaren eredua edo hautapen enpirikoaren araberako ezaugarriak ikusteko aukera izango zuen.
Ondorioz, ikerketa honek tokiko kultura-ondareari lotutako eta nekazarientzat garrantzi ekonomikoa duen tipula-landarari buruzko txosten zabala da. Gure emaitzek azpimarratzen dute, salbuespenak salbuespen, AROk ondo definitutako gene-bilduma duela ezaugarri, higadura genetikoaren arriskutik babestea merezi duena. Horregatik, funtsezkoa izan da aniztasun genetikoaren iturri baliotsu honen bilduma adierazgarri bat ezartzea. Azkenik, AROren karakterizazio genetikoa eta fenotipikoa baliagarria izan daiteke Europar Batasuneko kalitate markak lortzeko.
Materialak eta metodoak
Germoplasma-bilketa, landare-materiala eta DNA-erauzketa
ARO lurreko 13 populazio multzo bat eskuratu zen Apulia Eskualdeko proiektu baten esparruan (BiodiverSO: https://www.biodiversitapuglia.it/), “Acquaviva delle Fonti”-n, Italiako Bari probintzian dagoen Apuliako herri txiki batean egindako misio batzuen bidez. Atxikimendu bakoitzaren bilketa guneak Geografia Informazio Sistemaren (GIS) bidez mapatu eta Taulan jakinarazi ziren 4. Horrez gain, ikerketa honetan TRO lurreko espezieko bi populazio eta MCO lurreko biztanleria bat sartu ziren eta erreferentzia gisa erabili ziren. Landare-material guztia Bariko Unibertsitateko “P Martucci” baserri esperimentalean ingurumen-baldintza berdinetan hazi zen (41° 1'22.08″ N, 16°54'25.95″ E), babes-kaiolapean, polinizazio gurutzatua ekiditeko. populazioak eta populazio barruko polinizazioa ziurtatzea eulien bidez (Lucilia caesar). 16 populazioek erraboilaren tamainari eta formari eta azalaren eta haragiaren koloreari lotutako ezaugarriengatik ezaugarritu ziren (S1 taula). Gainera, eduki solido disolbagarrien saiakuntza eskuko errefraktometro baten bidez egin zen eta tipula-zuku laginetan pikartasuna neurtu zen 2,4-dinitrofenil hidrazina gehituz (% 0.125). v/v HCl-ko 2N-tan) eta 420 nm-ko xurgapena ebaluatuz, jakinarazi duenez [31]. Duncan-en gama anitzeko proba eta SNK proba egin ziren desberdintasun esanguratsuen presentzia zehazteko.
Table 4. Azterketa honetan bildutako eta genotipatutako populazioen zerrenda. Biztanleria bakoitzeko, identifikazio-kodea, tokiko izena, GPS koordenatua eta haziak kontserbatzen dituen gene-bankua adierazten dira.
kodea | izena | GPS koordenatuak | Gene Bankua y |
ARO1 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’21.708″ N 16°49’1.631” E | Di.SSPA |
ARO2 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’14.28″ N 16°48’56.879” E | Di.SSPA |
ARO3 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’11.304″ N 16°49’13.079” E | Di.SSPA |
ARO4 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’3.348″ N 16°40’27.011” E | Di.SSPA |
ARO5 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°51’59.76″ N 16°53’0.527” E | Di.SSPA |
ARO6 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’48.72″ N 16°49’43.247” E | Di.SSPA |
ARO7 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’13.47″ N 16°50’23.783” E | Di.SSPA |
ARO8 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’18.816″ N 16°49’33.888” E | Di.SSPA |
ARO9 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54'51.372″ N 16°49'3.504" E | Di.SSPA |
ARO10 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’1.188″ N 16°49’24.311” E | Di.SSPA |
ARO11 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52'49.8″ N 16°49'48.575" E | Di.SSPA |
ARO12 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’38.892″ N 16°49’28.379” E | Di.SSPA |
ARO13 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’21.768″ N 16°49’29.711” E | Di.SSPA |
TRO1 | Cipolla rossa lunga di Tropea | - | Di.SSPA |
TRO2 | Cipolla rossa tonda di Tropea | - | Di.SSPA |
MCO | Cipolla ramata di Montoro | - | Di.SSPA |
y Di.SSPA, Lur, Landare eta Elikagaien Zientzien Saila, Bariko Unibertsitatea. |
Populazio bakoitzeko 20 genotipoko hosto-materiala lagintu eta -80 °C-tan gorde zen erabili arte. Polisakaridoetan aberatsak diren espezieetarako, esaterako A. cepa, polisakaridoa kentzeko lehen urratsak ezinbestekoak dira kalitate oneko DNA lortzeko, beraz, STE tamponean (0.25 M sakarosa, 0.03 M Tris, 0.05 M EDTA) hasierako garbiketak egin ziren. [52]. ADN osoa CTAB metodoa jarraituz atera zen [53] eta, azkenik, Nano Drop 2000 UV-vis espektrofotometroarekin (ThermoScientific, Waltham, MA, AEB) eta % 0.8ko agarosa gel elektroforesiaren bidez egiaztatu zen kalitatea eta kontzentrazioa.
SSR Analisia
16 EST-SSR primer konbinazioak garatutako [54] eta aldez aurretik dibertsitate genetikoaren ikerketetan probatua [43] [44] eta 21 SSR genomiko [45-bat] haien egokitasuna ebaluatzeko aztertu ziren (S4 taula osagarria). Genotipatzea etiketatze fluoreszente ekonomikoaren metodoa erabiliz egin da, non M13 buztana gehitzen zaion aurrerako SSR primer bakoitzari. [56]. PCR nahasketak 20 gL-ko erreakzioan prestatu ziren: 50 ng DNA osoaren, 0.2 mM dNTP nahasketa, PCR erreakzio buffer 1X, DreamTaq DNA polimerasa 0.8 U (Thermo Scientific, Waltham, MA, AEB), 0.16 gM alderantzizko primer. , M0.032 sekuentziarekin hedatutako lehen lehen 13 gM (5′-TGTAAAACGACGGCCAGT-3′), eta FAM edo NED koloratzaile fluoreszenteekin markatutako M0.08 primer unibertsal baten 13 gM (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, AEB). PCR erreakzioak SimpliAmp (Applied Biosystems, CA, AEB) termoziklatuan egin dira, hasierako bikote gehienentzat baldintza hauekin: 94 °C 5 min, 40 ziklo 94 °C 30 s, 58 °C. 45 s eta 72 °C 45 s eta azken luzapena 72 °C-tan 5 min. ACM446 eta ACM449-ri dagokionez, ukipeneko PCR bat aplikatu zen 60 °C-tik 55 °C-tik 10 ziklotan zehar, 30 ziklo 55 °C-tan, eta ondoren 5 minutuko azken luzapenarekin 72 °C-tan. PCR produktuak 96 putzuko plaka batean kargatu eta 14 gL Hi-Di Formamide (Life Technologies, Carlsbad, CA, AEB) eta 0.5 gL GeneScan 500 ROX Size Standard (Life Technologies, Carlsbad, CA, AEB) nahastu ziren. Anplikonak ABI PRISM 3100 Avant Genetic Analyzer (Life Technologies, Carlsbad, CA, AEB) kapilarren sekuentziazio-makinaren bidez ebatzi ziren, non aleloak ko-dominatzaile gisa puntuatu eta GeneMapper Software 3.7 bertsioa erabiliz esleitu ziren.
GenAlEx 6.5 softwarea [57] eta Cervus 3.0.7 [58] alelo kopurua (Na), alelo eraginkor kopurua (Ne), behatutako heterozigositatea (Ho), esperotako heterozigositatea (He), informazio polimorfikoaren edukia (PIC), Shannon-en informazio indizea (I) eta finkapen indizea (Fis) kalkulatzeko erabili ziren. ) SSR locus bakoitzeko.
Aniztasun Genetikoaren Ebaluazioa
GenAlEx 6.5-ek tipula-populazioen artean eta barnean aldakuntza genetikoaren zatiketa hierarkikoa ebaluatu zuen. [57] Bariantza molekularraren analisiaren bidez (AMOVA) esangura probatzeko 999 bootstrapping-ekin. Gainera, GenAlEx 6.5 softwarea populazio bakoitzaren barruko aniztasuna kalkulatzeko erabili zen Ho, He eta Fis-en batez bestekoa SSR loci guztietan kalkulatuz.
Biztanleriaren egitura STRUCTURE v.2.3.4 softwarean inplementatutako ereduetan oinarritutako clustering algoritmoak ondorioztatu zuen. [59]. Datu-multzoa kluster hipotetiko batzuekin (K) exekutatu zen, 1etik 10era bitartekoak, K balio bakoitzeko hamar exekuzio independente ezarriz. Exekuzio bakoitzerako, emaitzen koherentzia egiaztatzeko asmoz, 100,000 hasierako erre-aldi eta 100,000 Markov Chain Monte Carlo (MCMC) iterazio egin ziren nahasketa ereduaren eta populazioen arteko alelo-frekuentzia independenteen arabera. K baliorik seguruena AK metodoa ezarriz zehaztu zen [60], web-oinarritutako programan STRUCTURE HARVESTER [61]. Biztanleria indibidual bat kluster zehatz bati esleitu zitzaion kideen koefizientea (q-balioa) 0.7 baino handiagoa zenean, bestela arbaso mistotzat hartzen zen.
Koordenatu nagusien analisia egin zen Nei-ren distantzia genetikoaren matrizeak agerian utzitako atxikimenduen arteko erlazio genetikoen ereduak ikusteko (S5 Taula Osagarria). Aleloen maiztasunetan oinarrituta, distantzia genetikoaren dendrograma bat eraiki zen POPTREEW softwarean bikote ponderatu gabeko bikoteen metodoa batez besteko aritmetikoekin (UPGMA) kluster analisiarekin inplementatuz. [62]. Bootstrapping-a aplikatu zen clustering hierarkikoaren konfiantza ebaluatzeko, datu-multzoaren 100 birlaginketa ezarriz. Azkenik, MEGA X softwarea [63] zuhaitzak marrazteko software gisa erabili zen.
Material osagarriak: Honako hauek daude eskuragarri linean http://www.mdpi.com/2223-7747/9/2/260/s1. S1 taula: ARO, MCO eta TRO erraboilen karakterizazio morfologikoa. S2 taula: ARO eta TRO eta MCO landratzetarako kalkulatutako heterozigositate- eta finkapen-indizeak. S3 taula: Fpt parametroaren pareko balioak. S4 taula: Ikerketan erabilitako SSRen zerrenda. S5 taula. Nei distantzia genetikoaren binaka populazio-matrizea. S1 irudia: Evanoren Delta K-rekin aldatzen diren K balioen lerro-diagrama.
Autorearen ekarpenak: CL eta LR-k asmatu zuten azterketa eta esperimentua diseinatu zuten; CL eta PIk markatzaile molekularren azterketa egin zuten; ARM eta VZk egin zituzten landa-probak; RM, SP, GR eta CL datuen analisian parte hartu zuten; RM eta CLk idatzi zuten eskuizkribua. Egile guztiek eskuizkribuaren argitaratutako bertsioa irakurri eta onartu dute.
Finantzaketa: Lan hau “Apuliako landare-espezieen biodibertsitatea” eskualdeko Apulian proiektuak finantzatu zuen—Programma di Sviluppo Rurale per la Puglia 2014-2020. Misura 10—Sottomisura 10.2; beka CUP H92C15000270002, Italia.
Eskerrak: Eskerrak "Azienda Agricola Iannone Anna" eta "Associazione produttori della vera cipolla rossa di Acquaviva"-ri esperimentuan erabilitako landare-materialak eskaintzeagatik.
Interes-gatazkak: Egileek ez dute interes gatazkarik adierazten.
Erreferentziak
- 1. Stearn, WT Zenbat Allium espezie ezagutzen dira? Kew Mag. 1992, 9,180-182. [CrossRef]
- 2. FAOSTAT. FAOren datu base estatistikoa. Sarean eskuragarri: http://www.fao.org/2017 (8ko urtarrilaren 2019an kontsultatua).
- 3. Blokea, E. Baratxuriaren eta tipularen kimika. Zientzia. Am. 1985, 252,114-119. [CrossRef]
- 4. Lee, B.; Jung, JH; Kim, HS Tipula gorriaren ebaluazioa arratoiaren jarduera antioxidatzaileari buruz. Elikagaien Kimika. Toxikola. 2012, 50, 3912-3919. [CrossRef]
- 5. Lee, SM; Ilargia, J.; Chung, JH; Cha, YJ; Shin, MJ Quercetinan aberatsa den tipula-azalaren laburpenen eragina arratoietan arteria tronbosian. Elikagaien Kimika. Toxikola. 2013, 57, 99-105. [CrossRef] [PubMed]
- 6. Yoshinari, O.; Shiojima, Y.; Igarashi, K. Zucker diabetiko gantz arratoietan tipula-estraktuaren aurkako obesitatearen ondorioak. Mantenugai 2012, 4,1518-1526. [CrossRef]
- 7. Akash, MSH; Rehman, K.; Chen, S. Spice landarea Allium cepa: 2 motako diabetes mellitusaren tratamendurako osagarri dietetikoa. Elikadura 2014, 30,1128-1137. [CrossRef] [PubMed]
- 8. Wang, Y.; Tian, WX; Ma, XF Tipularen efektu inhibitzaileak (Allium cepa L.) minbizi-zelulen eta adipozitoen ugalketari buruzko ateratzea gantz-azido sintasa inhibitzailearen bidez. Asiako Pac. J. Minbizia Aurreko. 2012,13, 5573-5579. [CrossRef] [PubMed]
- 9. Lai, WW; Hsu, SC; Chueh, FS; Chen, YY; Yang, JS; Lin, JP; Lien, JC; Tsai, CH; Chung, JG Quercetin-ek SAS giza ahoko minbizi-zelulen migrazioa eta inbasioa inhibitzen ditu NF-kappaB eta matrizeko metaloproteinasa-2/-9 seinaleztapen bideen inhibizioaren bidez. Minbiziaren aurkako erres. 2013, 33,1941-1950. [PubMed]
- 10. Nicastro, HL; Ross, SA; Milner, JA Baratxuria eta tipula: minbizia prebenitzeko dituzten propietateak. Minbizia Aurreko. Erres. 2015, 8,181-189. [CrossRef]
- 11. Forte, L.; Torricelli, P.; Boanini, E.; Gazzano, M.; Rubini, K.; Fini, M.; Bigi, A. Quercetin-functionalized hydroxyapatitearen antioxidatzaileak eta hezur-konponketa propietateak: in vitro osteoblasto-osteoklasto-endotelial zelulen ko-kultura azterketa. Acta Biomater. 2016, 32, 298-308. [CrossRef]
- 12. Yamazaki, Y.; Iwasaki, K.; Mikami, M.; Yagihashi, A. Hamaika zapore-aitzindarien banaketa, S-Alk(en)yl-L-cysteine deribatuak, zazpi Allium barazkitan. Elikadura Zientzia. Teknol. Erres. 2011, 17, 55-62. [CrossRef]
- 13. Blokea, E. Allium generoko organosufre-kimika—Sufrearen kimika organikorako ondorioak. Angew. Kim. Int. Ed. Ingelesa 1992, 31,1135-1178. [CrossRef]
- 14. Griffiths, G.; Trueman, L.; Crowther, T.; Tomas, B.; Smith, B. Tipula-Osasunarentzat onura globala. Phytother. Erres. 2002,16, 603-615. [CrossRef]
- 15. Schwimmer, S.; Weston, WJ Tipulan azido pirubikoaren garapen entzimatikoa zorroztasun neurri gisa. J. Agrik. Elikagaien Kimika. 1961, 9, 301-304. [CrossRef]
- 16. Ketter, CAT; Randle, WM Pungency ebaluazioa tipulatan. In Laborategiko Irakaskuntzarako Tested Studies; Karcher, SJ, Ed.; Association for Biology Laboratory Education (ABLE): New York, NY, AEB, 1998; 19. liburukia, 177-196 or.
- 17. Hanelt, P Taxonomia, bilakaera eta historia. In Onions and Allied Crops, Vol. I. Botanika, Fisiologia eta Genetika; Rabinowitch, HD, Brewster, JL, Eds.; CRC Press: Boca Raton, FL, AEB, 1990; 1-26 orr.
- 18. Rabinowitch, HD; Currah, L. Allium Crop Science: Azken Aurrerapenak; CABI argitaletxea: Wallingford, Erresuma Batua, 2002.
- 19. Mallor, C.; Carravedo, M.; Estopanan, G.; Mallor, F. Tipularen baliabide genetikoen karakterizazioa (Allium cepa L.) Espainiako bigarren mailako aniztasunaren zentrokoa. Tarte. J. Agrik. Erres. 2011, 9,144-155. [CrossRef]
- 20. Ferioli, F.; D'Antuono, LF Fenolikoen eta zisteina sulfoxidoen ebaluazioa Italiako eta Ukrainako tokiko tipula eta txalota germoplasman. Genet. Baliabidea. Laborantza Ebol. 2016, 63, 601-614. [CrossRef]
- 21. Petropoulos, SA; Fernandes, A.; Barros, L.; Ferreira, ICFR; Ntatsi, G. 'vatikiotiko'-ren deskribapen morfologikoa, nutrizionala eta kimikoa, Greziako tipula lokala. Elikagaien Chem. 2015,182,156-163. [CrossRef]
- 22. Liguori, L.; Adiletta, G.; Nazzaro, F.; Fratianni, F.; Di Matteo, M.; Albanese, D. Mediterraneo eremuko tipula barietate ezberdinen propietate biokimikoak, antioxidatzaileak eta mikrobioen aurkako jarduera. J. Elikagaien neurriak. Pertsonaia. 2019,13,1232-1241. [CrossRef]
- 23. Yoo, KS; Pike, L.; Crosby, K.; Jones, R.; Leskovar, D. Tipula pungency desberdintasunak cultivares, hazkuntza-ingurune eta erraboil-tamainen ondorioz. Zientzia. Hortik. 2006,110,144-149. [CrossRef]
- 24. Erlea, N.; Perner, H.; Schwarz, D.; George, E.; Kroh, LW; Rohn, S. Quercetina-3, 4′-O-diglukosidoa, quercetin-4′-O-monoglukosidoa eta quercetin-en banaketa tipula erraboilaren (Allium cepa L.) zati ezberdinetan genotipoaren eraginez. Elikagaien Chem. 2010,122, 566-571. [CrossRef]
- 25. Caruso, G.; Conti, S.; Villari, G.; Borrelli, C.; Melchionna, G.; Minutolo, M.; Russo, G.; Amalfitano, C. Transplante-denboraren eta landare-dentsitatearen ondorioak tipulen etekinean, kalitatean eta antioxidatzaile-edukian (Allium cepa L.) Italiako hegoaldean. Zientzia. Hortik. 2014,166,111-120. [CrossRef]
- 26. Perez-Gregorio, JA. Regueiro, J.; Simal-Gandara, J.; Rodrigues, AS; Almeida, DPF Tipularen balio erantsia areagotzea flavonoide antioxidatzaileen iturri gisa: berrikuspen kritikoa. Crit. Rev. Elikadura Sci. Nutr. 2014, 54,1050-1062. [CrossRef] [PubMed]
- 27. Pohnl, T.; Schweigert, RM; Carle, R. Laborantza-metodoaren eta kultiba-hautaketaren eragina tipulan karbohidrato disolbagarrietan eta printzipio zorrotzetan (Allium cepa L.). J. Agrik. Elikagaien Kimika. 2018, 66,12827-12835. [CrossRef] [PubMed]
- 28. Tedesco, I.; Carbone, V.; Spagnuolo, C.; Minasi, P.; Russo, GL Italiako hegoaldeko bi cultivarren flavonoideen identifikazioa eta kuantifikazioa allium cepa L., Tropea (tipula gorria) eta Montoro (kobre tipula), eta giza eritrozitoak estres oxidatibotik babesteko duten gaitasuna. J. Agrik. Elikagaien Kimika. 2015, 63, 5229-5238. [CrossRef]
- 29. Villano, C.; Esposito, S.; Carucci, F.; Frusciante, L.; Carputo, D.; Aversano, R. Tipulako errendimendu handiko genotipizazioak aniztasun genetikoaren egitura eta hazkuntza molekularrako erabilgarriak diren SNP informatiboak agerian uzten ditu. Mol. Arraza. 2019, 39, 5. [CrossRef]
- 30. Mercati, F.; Longo, C.; Poma, D.; Araniti, F.; Lupini, A.; Mammano, MM; Fiore, MC; Abenavoli, MR; Sunseri, F Italiako iraupen luzeko tomate baten aldaera genetikoa (Solanum lycopersicum L.) SSR eta fruitu-ezaugarri morfologikoak erabiliz biltzea. Genet. Baliabidea. Laborantza Ebol. 2014, 62, 721-732. [CrossRef]
- 31. Gonzalez-Perez, S.; Mallor, C.; Garces-Claver, A.; Merino, F.; Taboada, A.; Rivera, A.; Pomar, F.; Perovic, D.; Silvar, C. Tipula bilduma batean aniztasun genetikoa eta kalitate-ezaugarriak aztertzen (Allium cepa L.) Espainia ipar-mendebaldeko herrialdeko arrazak. Genetika 2015, 47, 885-900. [CrossRef]
- 32. Lotti, C.; Iovieno, P.; Centomani, I.; Marcotrigiano, AR; Fanelli, V.; Mimiola, G.; Summo, C.; Pavan, S.; Ricciardi, L. Kalearen karakterizazio genetikoa, bioagronomikoa eta nutrizionala (brassica oleracea L. var. azefala) aniztasuna Apulian, Italiako hegoaldean. Aniztasuna 2018,10, 25. [CrossRef]
- 33. Bardaro, N.; Marcotrigiano, AR; Bracuto, V.; Mazzeo, R.; Ricciardi, F.; Lotti, C.; Pavan, S.; Ricciardi, L. Erresistentziaren azterketa genetikoa Orobanche krenata (Forsk.) ilar batean (Pisum sativum L.) strigolaktona baxuko lerroa. J. Landare Pathola. 2016, 98, 671-675.
- 34. Wako, T.; Tsukazaki, H.; Yaguchi, S.; Yamashita, K.; Ito, S.; Shigyo, M. Ezaugarri kuantitatiboen loci-en mapaketa, tipula sorta batean bolting denborarako (Allium fistulosum L.). Eufitika 2016, 209, 537-546. [CrossRef]
- 35. Dhaka, N.; Mukhopadhyay, A.; Paritosh, K.; Gupta, V.; Pental, D.; Pradhan, AK SSR genikoak identifikatzea eta SSRn oinarritutako lotura-mapa eraikitzea Brassica juncea. Eufitika 2017, 213, 15. [CrossRef]
- 36. Anandhan, S.; Mote, SR; Gopal, J. Tipularen barietate-identitatearen ebaluazioa SSR markatzaileak erabiliz. Seed Sci. Teknol. 2014, 42, 279-285. [CrossRef]
- 37. Mitrova, K.; Svoboda, P.; Ovesna, J. Txekiar Errepublikatik tipula cultivares bereizteko markatzaile multzo baten hautaketa eta baliozkotzea. Txekiar J. Genet. Landare Arraza. 2015, 51, 62-67. [CrossRef]
- 38. Di Rienzo, V.; Miazzi, MM; Fanelli, V.; Sabetta, W.; Montemurro, C. Apuliako oliba germoplasmaren biodibertsitatearen kontserbazioa eta karakterizazioa. Acta Hortic. 2018,1199,1-6. [CrossRef]
- 39. Mallor, C.; Arnedo-Andres, A.; Garces-Claver, A. Gazteleraren aniztasun genetikoa ebaluatzea allium cepa Tipula hazteko bertako arrazak mikrosatelite markatzaileak erabiliz. Zientzia. Hortik. 2014,170,24-31. [CrossRef]
- 40. Rivera, A.; Mallor, C.; Garces-Claver, A.; Garcia-Ulloa, A.; Pomar, F.; Silvar, C. Tipularen aniztasun genetikoa ebaluatzea (allium cepa L.) Espainiako ipar-mendebaldeko herrialdeko arrazak eta Europako aldakortasunarekin alderatuta. NZJ Laborantza Hortic. 2016, 44,103-120. [CrossRef]
- 41. De Giovanni, C.; Pavan, S.; Taranto, F.; Di Rienzo, V.; Miazzi, MM; Marcotrigiano, AR; Mangini, G.; Montemurro, C.; Ricciardi, L.; Lotti, C. Txitxirioaren germoplasma bilduma globalaren aldakuntza genetikoa (Cicer arietinum L.) higadura genetikoa izateko arriskuan dauden italiar atxikipenak barne. Physiol. Mol. Biol. Landareak 2017, 23,197-205. [CrossRef]
- 42. Mazzeo, R.; Morgese, A.; Sonnante, G.; Zuluaga, DL; Pavan, S.; Ricciardi, L.; Lotti, C. Genetic diversity in brokoli rabe (Brassica rapa L. subsp. sylvestris (L.) Janch.) Hego Italiakoa. Zientzia. Hortik. 2019, 253,140-146. [CrossRef]
- 43. Jakse, M.; Martin, W.; McCallum, J.; Havey, M. Nukleotido bakarreko polimorfismoak, indelak eta sekuentzia sinpleko errepikapenak tipula cultivar identifikatzeko. J. Am. Soc. Hortik. Zientzia. 2005,130, 912-917. [CrossRef]
- 44. McCallum, J.; Thomson, S.; Pither-Joyce, M.; Kenel, F. Aniztasun genetikoa analisia eta nukleotido bakarreko polimorfismoaren markatzaileen garapena erraboilaren tipula landuan, adierazitako sekuentzia etiketa-sekuentzia sinplea errepikatzen duten markatzaileetan oinarrituta. J. Am. Soc. Hortik. Zientzia. 2008,133, 810-818. [CrossRef]
- 45. Baldwin, S.; Pither-Joyce, M.; Wright, K.; Chen, L.; McCallum, J. Sekuentzia sinple genomikoen errepikapen-markatzaile sendoen garapena, bonbilla tipula barruan eta artean aniztasun genetikoa kalkulatzeko. (Allium cepa L.) populazioak. Mol. Arraza. 2012, 30,1401-1411. [CrossRef]
- 46. DeWoody, JA; Honeycutt, RL; Skow, LC Mikrosateliteen markatzaileak buztan zurian. J. Hered. 1995, 86, 317-319. [CrossRef] [PubMed]
- 47. Khodadadi, M.; Hassanpanah, D. Irango tipula (Allium cepa L.) endogamiaren depresioari erantzunak. Munduko aplikazioa. Zientzia. J. 2010,11, 426-428.
- 48. Abdou, R.; Bakasso, Y.; Saadou, M.; Baudoin, JP; Hardy, OJ Nigerreko tipulen aniztasun genetikoa (Allium cepa L.) sekuentzia errepikapeneko markatzaile sinpleen bidez (SSR) ebaluatua. Acta Hortic. 2016,1143, 77-90. [CrossRef]
- 49. Pavan, S.; Lotti, C.; Marcotrigiano, AR; Mazzeo, R.; Bardaro, N.; Bracuto, V.; Ricciardi, F.; Taranto, F.; D'Agostino, N.; Schiavulli, A.; et al. Landutako txitxirioaren multzo genetiko bereizgarria, genoma osoko markatzaileen aurkikuntzak eta genotipizazioak agerian utzi duenez. Landareen Genoma 2017, 2017,10. [CrossRef]
- 50. Pavan, S.; Marcotrigiano, AR; Ciani, E.; Mazzeo, R.; Zonno, V.; Ruggieri, V.; Lotti, C.; Ricciardi, L. Meloi baten genotipaketa-sekuentziazioa (Cucumis melo L.) aniztasunaren bigarren mailako zentro bateko germoplasma bilketak aldakuntza genetikoen ereduak eta gene multzo ezberdinen ezaugarri genomikoen ereduak nabarmentzen ditu. BMC Genom. 2017, 18, 59. [CrossRef]
- 51. Di Rienzo, V.; Sion, S.; Taranto, F.; D'Agostino, N.; Montemurro, C.; Fanelli, V.; Sabetta, W.; Boucheffa, S.; Tamendjari, A.; Pasqualone, A.; et al. Fluxu genetikoa oliba-populazioaren artean Mediterraneoko arroan. Pare J. 2018, 6. [CrossRef]
- 52. Artzaina, LD; McLay, TG Bi mikro-eskala protokolo polisakaridoetan aberatsak diren landare-ehunetatik DNA isolatzeko. J. Landare Erres. 2011,124, 311-314. [CrossRef]
- 53. Doyle, JJ; Doyle, JL Landareen DNAren isolamendua ehun freskoetatik. Fokatu 1990,12,13-14.
- 54. Kuhl, JC; Cheung, F.; Qiaoping, Y.; Martin, W.; Zewdie, Y.; McCallum, J.; Catanach, A.; Rutherford, P.; Konketa, KC; Jenderek, M.; et al. Tipula adierazitako 11,008 sekuentzia-etiketez osatutako multzo bakarrak asparagales eta poales monocot ordenaren artean adierazitako sekuentzia eta desberdintasun genomikoak erakusten ditu. Landare Zelula 2004,16, 114-125. [CrossRef]
- 55. Kim, HJ; Lee, HR; Hyun, JY; Abestia, KH; Kim, KH; Kim, JE; Hur, CG; Harn, CH Marker garapena tipula purutasun genetikoa probatzeko SSR Finder erabiliz. Koreako J. Arraza. Zientzia. 2012, 44, 421-432. [CrossRef]
- 56. Schuelke, M. PCR zatien etiketa fluoreszenteko metodo ekonomikoa. Nat. Bioteknologia. 2000, 18, 233-234. [CrossRef] [PubMed]
- 57. Peakall, R.; Smouse, PE GenAlEx 6.5: Analisi genetikoa Excel-en. Populazioen software genetikoa irakaskuntza eta ikerketarako: eguneraketa bat. bioinformatika 2012, 28, 2537-2539. [CrossRef] [PubMed]
- 58. Kalinowski, ST; Taper, ML; Marshall, TC CERVUS programa informatikoak genotipatze-errorea nola moldatzen den berrikusteak arrakasta handitzen du aitatasunaren esleipenean. Mol. Ekol. 2007,16,1099-1106. [CrossRef]
- 59. Pritchard, JK; Stephens, M.; Rosenberg, NA; Donnelly, P. Elkartearen mapak populazio egituratuetan. Am. J. Hum. Genet. 2000, 67, 170-181. [CrossRef]
- 60. Evano, G.; Regnaut, S.; Goudet, J. Softwarea erabiliz gizabanakoen multzoen kopurua detektatzea EGITURA: Simulazio-azterketa. Mol. Ekol. 2005,14, 2611-2620. [CrossRef]
- 61. Earl, D.; VonHoldt, B. STRUCTURE HARVESTER: EGITURAren irteera ikusteko eta Evano metodoa ezartzeko webgunea eta programa. Kontserba. Genet. Baliabidea. 2011, 4. [CrossRef]
- 62. Takezaki, N.; Nei, M.; Tamura, K. POPTREEW: POPTREE-ren web bertsioa aleloen maiztasun-datuetatik populazio zuhaitzak eraikitzeko eta beste zenbait kantitate kalkulatzeko. Mol. Biol. Ebol. 2014, 31, 1622-1624. [CrossRef]
- 63. Kumar, S.; Stecher, G.; Li, M.; Knyaz, C.; Tamura, K. MEGA X. Molecular Evolutionary Genetics Analysis platform informatikoen artean. Mol. Biol. Ebol. 2018, 35,1547-1549. [CrossRef]